Bio Informaticien H/F

Le ou la candidat(e) retenu(e) devra travailler sur des projets collaboratifs entre Iñigo Landa et Julien Hadoux du Comité des Tumeurs Endocrines.

La personne recrutée réalisera des analyses bioinformatiques sur des données existantes et à venir. Celles-ci incluent des données de séquençage en vrac (WES, WGS, RNAseq, long read DNAseq), des données de RNA-seq en cellule unique/noyau unique et multiome (RNA/ATACseq), ainsi que des données de transcriptomique/protéomique spatiale, obtenues à la fois à partir d'échantillons de patients et de modèles animaux de la maladie.

Les projets actuels du laboratoire visent à comprendre comment les altérations génétiques et épigénétiques favorisent la progression des cancers de la thyroïde, ainsi qu'à décrypter leur microenvironnement tumoral immunitaire. Le/la candidat(e) sera amené(e) à travailler en tant que Bio Informaticien(ne) sur les tâches suivantes:

• Analyser des données de séquençage nucléaire unicellulaire (snRNA-seq) et de multiome déjà générées à partir de modèles murins génétiquement modifiés de cancers de la thyroïde;
• Contribuer à l'intégration et à l'analyse de données issues de profils multi-omiques existants et futurs (bulk et cellule unique) provenant de cohortes de patients atteints de cancer thyroïdien anaplasique;
• Analyser des données de RNA-seq en vrac (bulk RNA-seq), d'ATAC-seq et de séquençage à longues lectures obtenues à partir d'échantillons de patients et d'organoïdes dérivés de patients.Participer activement aux réunions de l'équipe, échanger avec les membres du laboratoire expérimental afin d'identifier leurs besoins, et les conseiller sur les meilleures pratiques en matière d'analyse bioinformatique et statistique des données.

Profil recherché

• Master en bioinformatique / biologie computationnelle ou dans un domaine connexe avec plusieurs années d'expérience, ou doctorat en bioinformatique, biologie computationnelle, génomique ou domaine connexe.
• Maîtrise d'Unix et de Python/R.
• Maîtrise des environnements de calcul haute performance (HPC).
• Expérience préalable dans l'analyse de grands jeux de données génomiques, idéalement issus d'approches en cellule unique.
• Une expérience dans l'exécution de pipelines bioinformatiques avec Nextflow ou Snakemake est souhaitable.
• Excellentes capacités d'organisation, autonomie et rigueur scientifique.
• Volonté de s'intégrer dans un environnement de laboratoire expérimental (" wet lab ") et de contribuer à plusieurs projets.
• Nous sommes une équipe internationale et les activités de recherche se déroulent en anglais. Une bonne maîtrise de l'anglais est donc indispensable.
  Aptitudes complémentaires
• Intérêt pour un environnement de recherche collaboratif et multidisciplinaire.
• Initiative et créativité pour résoudre des problématiques techniques.
• Excellentes compétences en communication écrite et orale, capacité à documenter les méthodes et résultats de façon claire, pour des publications

Ce CDI de chantier de 2 ans renouvelable est basé à Villejuif, Grand Paris, sur le campus de Gustave Roussy.

Avantages:

• Politique de formation dynamique
• Accès au CSE (Chèques vacances, voyages, événements culturels, chèque cadeaux...)
• Dispositifs de bien-être au travail (Bulle détente, ostéopathie, Shiatsu...)
• Prise en charge du Pass Navigo à 75%, forfait mobilité durable (vélo ou trottinette)
• Self et cafétéria d'entreprise
  Accessibilité:
• Lignes 14 et 15 - Station: Villejuif - Gustave Roussy
• Bus: 380, 162
• Parking sur place