Bio-Informaticien H/F (H/F)

À propos de Abolis Biotechnologie

Abolis est une entreprise française qui développe des innovations à impact et à haute valeur ajoutée dans le domaine des biotechnologies. Nous accompagnons les industries dans leur transition vers des modèles de production plus vertueux. Nous proposons des solutions industrielles personnalisées basées sur des micro-organismes.

Fondée en 2014, Abolis compte plus de 80 personnes, qui ambitionnent de réinventer l'avenir de nombreuses industries - depuis la nutrition jusqu'à la santé en passant par la cosmétique et la chimie. Nous nous appuyons sur les biotechnologies et le potentiel encore inexploité des micro-organismes pour développer de nouvelles solutions de bio-production durables et économiquement viable.

Le poste

Abolis recherche un Ingénieur en Bioinformatique structurale (H/F) pour rejoindre notre Département Biologie. Vous aurez la responsabilité de:

• Développer et faire tourner des pipelines permettant d'analyser les génomes, reconstruire les structure 3D des enzymes, docker et analyser les ligands à haut débit.
• Développer et faire tourner des pipelines d'analyse de génome et de RNAseq
• Construire des bases de données d'enzyme naturelle
• Réaliser des analyses statistiques et des visualisations sur les données (scikitlearn, numpy, matplotlib, plotly...)
• Analyse des données produites par les pipelines pour proposer aux équipes de biologie de nouvelles enzymes ainsi que des mutants ou des bibliothèque de mutant pour optimiser stabilité et activité.
• Concevoir des plans d'expérience réalisées par les équipes du Wet Lab selon les objectifs et moyens disponibles.
• Analyser les résultats expérimentaux (moléculaire, génétique, OMICS, fermentation) et identifier les bottlenecks enzymatiques.
• Travailler selon la stratégie scientifique et communiquer les résultats en interne et externe
• Rédiger rapports scientifiques, livrables, présentations et suivis d'activité pour clients/partenaires
• Réaliser la veille scientifique et bibliographique sur les sujets concernés

Vous êtes diplômé(e) d'une formation Bac+5/+8 en biologie moléculaire, modélisation des protéines et des interactions protéine-ligand ou discipline connexe et vous justifiez d'une de 5 ans minimum et d'une expérience réussie en bioinformatique structurale.

Vous codez avec aisance et vous connaissez les derniers outils (Boltz, Snakemake...) et bonnes pratiques de programmation (Git, maintenabilité, reproductibilité, etc). Vous connaissez un minimum l'analyse des génomes et données de séquençage.

Vous connaissez la biophysique (champ de force, MD...) et le machine learning (deeplearning, stable diffusion,...) qui sous-tendent les logiciels que utilisez. Vous comprenez comment vous paramétrez l'algorithme ou le modèle.
Vous comprenez bien la chimie et les mécanismes réactionnels des sites catalytique des enzymes, ainsi que les interactions qui permettent d'en augmenter l'activité ou le binding.

Vous êtes rigoureux(se), curieux(se), très organisé(e), vous avez un esprit de synthèse porté sur les résultats, vous êtes force de proposition, vous savez vous adapter et avez la capacité de travailler en équipe. Une très bonne maîtrise de l'anglais est fortement recommandée.

Les avantages

CDI à pourvoir dès que possible,
Rémunération: (selon profil),
Titres restaurants, RIE, télétravail, Mutuelle, Remboursement Navigo, Parking, CE...
Des projets challengeants et intéressants, couvrant quasiment toutes les classes d'enzymes
Un environnement convivial avec des équipes dynamiques et engagées,