Bioinformaticien - Transcriptomique et biostatistique, projet ATTILAS (F/H)

RESPONSABILITÉS:

Laboratoire - Service
L'équipe RACER (Rare Cancers Exploration and Research), dirigée par le Dr Sarah Watson au sein de l'unité Chemical Biology of Cancer (INSERM U1339/CNRS UMR3666, Institut Curie, Paris), conduit des recherches translationnelles sur les cancers rares, dont les sarcomes. Elle combine profilage moléculaire multi-échelle, modèles précliniques et accès direct aux cohortes et échantillons biologiques de l'Institut Curie.
Le poste s'inscrit dans le projet ATTILAS ( Addressing and Targeting Tumor and Immunological Vulnerabilities in Dedifferentiated Liposarcomas ), financé par l'ANR (JCJC, 36 mois) et coordonné par le Dr Watson. Ce projet vise à identifier des vulnérabilités tumorales et immunitaires du liposarcome dédifférencié (DDLPS) grâce à l'intégration d'analyses multi-omiques et de validations fonctionnelles. La personne recrutée contribuera aux analyses bioinformatiques d'un jeu de données comprenant RNA-seq bulk, scRNA-seq, WGS et WES. Elle travaillera en étroite collaboration avec les chercheurs de l'équipe et les bioinformaticiens du Hub de bioinformatique de l'Institut Curie.

Missions
Description des activités

Analyse transcriptomique

• Analyser les données RNA-seq bulk: contrôle qualité, normalisation, expression différentielle et analyses fonctionnelles.
• Réaliser la déconvolution des données bulk à partir des références scRNA-seq de l'équipe.
• Traiter et intégrer les données scRNA-seq/snRNA-seq: annotation cellulaire, inférence de CNV, analyses de trajectoire et de communication intercellulaire.
• Intégrer les données transcriptomiques aux résultats fonctionnels du projet.
  Biostatistique et biomarqueurs
• Corréler profils moléculaires et données cliniques à l'aide de modèles statistiques adaptés
• Optimiser et valider des signatures pronostiques.
• Identifier des signatures de réponse ou de résistance thérapeutique à partir des données single-cell puis les appliquer aux cohortes bulk.
  Gestion des données et valorisation
• Développer des pipelines reproductibles et documentés.
• Assurer la gestion et le dépôt des données selon les principes FAIR et les exigences ANR.
• Collaborer avec biologistes, ingénieurs et cliniciens pour transformer les questions biologiques en analyses exploitables.
• Présenter les résultats et contribuer aux publications et rapports scientifiques.

Spécificités du poste

• Possibilité de déplacements ponctuels pour des congrès nationaux et internationaux.

PROFIL RECHERCHÉ:

Formation et expérience

• Niveau et diplômes: Master 2 ou diplôme d'ingénieur en bioinformatique, biostatistique, science des données ou discipline connexe; ou doctorat dans l'un de ces domaines, en analyse transcriptomique
• Expérience professionnelle: au moins 2 ans d'expérience dans l'analyse de données de séquençage à haut débit. Expérience documentée du scRNA-seq
• Connaissances attendues: RNA-seq bulk et en cellule unique, de la donnée brute à l'interprétation biologique; méthodes d'intégration et de correction des effets de lot; statistiques appliquées à la survie, analyses d'enrichissement fonctionnel. Connaissance de la biologie du cancer
• Atouts: déconvolution cellulaire, inférence de communication intercellulaire, analyse de données spatiales, exploitation de données de nombre de copies
  Compétences et qualités requises
• Compétences informatiques: maîtrise de R, Python, bash et de l'environnement Unix; usage courant de Git; travail sur cluster de calcul (SLURM); gestionnaires de workflow (Nextflow ) et environnements reproductibles (conda, Docker, Singularity)
• Compétences linguistiques: anglais scientifique écrit et oral courant, indispensable
• Aptitudes: rigueur méthodologique et sens de la reproductibilité, autonomie dans la conduite des analyses, esprit critique sur la robustesse des résultats, capacité à dialoguer avec des biologistes et des cliniciens et à restituer des analyses complexes de façon accessible, goût du travail collaboratif
  Fidèle à l'héritage de sa fondatrice, l'Institut Curie est pleinement engagé en faveur de l'égalité professionnelle entre les femmes et les hommes. Nous invitons toutes et tous à postuler à nos offres. Nos opportunités sont ouvertes aux personnes en situation de handicap.
  https://euraxess.ec.europa.eu/sites/default/files/brochures/eur_21620_en-fr.pdf
  Informations sur le contrat
  Type de contrat: CDD, niveau ingénieur d'études ou ingénieur de recherche selon le profil
  Date de démarrage: dès que possible
  Durée du contrat: 18 mois, renouvelable
  Temps de travail: temps complet, 39 h par semaine
  Rémunération annuelle: de32480€ to 39459€ selon les grilles en vigueur
  Avantages: Restauration collective, prise en charge du titre de transport annuel à 70%, mutuelle d'entreprise
  Localisation du poste: Paris

Contact
Pour postuler, merci d'envoyer CV et lettre de motivation: 18/10/2026
Date de publication: 18/10/2026...