Ingénieur en bioinformatique et analyste d'images biologiques (H/F)

Contrat projet au 03/11/2026 Le poste s'inscrit au cœur du projet ambitieux RAISE-RD (financé par l'AFM-Téléthon), qui vise à catalyser la recherche sur les maladies rares grâce à des approches innovantes en bio-informatique et analyse d'images.
Missions

• Centraliser et développer les capacités d'analyse d'images biologiques pour l'ensemble du consortium MMG, afin de résoudre les problématiques communes de quantification de signal, de segmentation et de suivi cellulaire appliquées aux maladies rares.
• Concevoir et déployer des approches innovantes d'intégration de données, établissant un lien fonctionnel entre les données moléculaires (telles que la transcriptomique spatiale) et les technologies d'imagerie microscopique.
  Activités principales:
• Développement de pipelines de segmentation et de quantification: Concevoir et implémenter des pipelines d'analyse d'images polyvalents, modulaires et adaptables pour la segmentation à haut contenu et la quantification de structures cellulaires et subcellulaires (fibres d'actine, noyaux, mitochondries, zones de fibrose, adipocytes)
• Analyse d'images 3D avancée: Développer des outils de reconstruction volumétrique, de segmentation et d'analyse quantitative pour des jeux de données 3D issus de microscopies confocale, à feuille de lumière (light-sheet) et de systèmes d'illumination structurée (Apotome).
• Caractérisation de réseaux mitochondriaux et de structures vasculaires: Automatiser l'extraction de paramètres mitochondriaux en 3D (complexité de ramification, rapports surface/volume) et extraire des descripteurs géométriques de vaisseaux sanguins miniaturisés en 3D pour l'étude de syndromes progeroïdes rares.
• Intégration de données d'imagerie et d'omiques (Multi-omics): Mettre en place des methodes pour corréler les phénotypes morphologiques observés en microscopie avec des profils d'expression génique (bulk RNA-seq, scRNA-seq, transcriptomique spatiale).
• Développement et maintenance logicielle: Rédiger, optimiser et maintenir des macros et plugins personnalisés pour Fiji/ImageJ ainsi que des outils open-source en Python pour Napari.
• Gestion de versions et science ouverte: Documenter rigoureusement l'ensemble des codes développés et assurer leur partage sur les plateformes nationales et internationales (GitHub, BioImage Archive, France BioImaging).
  Activités communes à l'équipe/unité
• Collaborer activement avec les équipes thématiques pour extraire des caractéristiques morphologiques à partir de modèles biologiques variés (gastruloïdes humains, tissus musculaires, tissus cardiaques imprimés en 3D) et les coupler aux données de séquençage.
• Réaliser des analyses comparatives (benchmarking) de protocoles sur des jeux de données publics (ex. technologies 10x Xenium) et des données générées en interne au sein de l'unité.
  Activités annexes:
• Support et accompagnement des utilisateurs: Assurer une assistance technique de proximité, dispenser des formations pratiques et concevoir des tutoriels dédiés à l'utilisation des pipelines d'analyse par les chercheurs.
• Soutien sur des cas d'usage complexes: Fournir une expertise et un support ciblé pour l'annotation, la segmentation et la quantification d'imagerie par microscopie électronique (EM).

#TDFE2026